Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) Pendidikan Tinggi merupakan suatu kegiatan sistemik dan independen untuk meningkatkan mutu pendidikan tinggi secara berencana dan berkelanjutan yang telah sesuai dengan Permenristek Dikti no. 62 tahun 2016. Mendasar pada peraturan tersebut maka Akper Pemkab Ngawi juga memiliki unit penjaminan mutu yaitu Unit Penjaminan Mutu Interna (UPM).
UPM Akper Pemkab Ngawi dibentuk pada tahun 2013 sesuai dengan SK Direktur tentang Struktur Organisasi Akper Pemkab Ngawi dengan nomor: 421/ 421.A/ 404.102.28/VII/2013. Sistem penjaminan mutu yang dilaksanakan pada tahun 2013 masih menggunakan model siklus Plan-Do-Check-Actin (PDCA). Pada tahun 2018 UPM Akper Pemkab Ngawi dalam melaksanakan sistem penjaminan mutu menggunakan siklus Penetapan-Pelaksanaan-Evaluasi-Pengendalian-Peningkatan (PPEPP) yang sesuai dengan Permenristekdikti No. 62 Tahun 2016 Tentang SPMI Dikti. Hingga saat ini, UPM senantiasa berkomitmen untuk meningkatkan mutu pendidikan Akper Pemkab Ngawi sehingga dapat mencapai Visi dan Misi institusi.
Sistem pengorganisasian Unit Penjaminan Mutu Akper Pemkab Ngawi digambarkan dalam bagan di bawah ini:
